Căn cứ tính thuế là sản lượng tài nguyên thực tế khai thác, giá tính thuế và thuế suất. Riêng đối với dầu thô, khí thiên nhiên và khí than cần có quy định riêng về căn cứ tính thuế. Cụ thể: căn cứ tính thuế tài nguyên được xác định trên cơ sở lũy tiến từng phần của tổng sản lượng dầu, khí thực khai thác trong mỗi kỳ nộp thuế tính theo sản lượng dầu, khí bình quân mỗi ngày khai thác được của toàn bộ diện tích hợp đồng dầu, khí và số ngày khai thác trong kỳ tính thuế; thuế suất và giá tính thuế tài nguyên.

Sản lượng tính thuế

Đối với loại tài nguyên khai thác xác định được số lượng, trọng lượng hay khối lượng thì sản lượng tài nguyên để tính thuế là số lượng, trọng lượng hay khối lượng của tài nguyên khai thác thực tế trong kỳ nộp thuế, không phụ thuộc vào hiện trạng và mục đích khai thác tài nguyên.

Đối với loại tài nguyên không thể xác định được số lượng, trọng lượng hay khối lượng thực tế khai thác do chứa nhiều chất khác nhau, hàm lượng tạp chất lớn thì sản lượng tài nguyên để tính thuế được xác định trên số lượng, trọng lượng hay khối lượng từng chất thu được do sàng tuyển, phân loại (đơn cử một Cty phải sàng tuyển hàng nghìn m3 đất, đá, nước để thu được 2 kg vàng cốm, 100 tấn quặng sắt thì thuế tài nguyên được tính trên số lượng vàng cốm và quặng sắt thu được này).

Đối với loại tài nguyên khai thác, chưa bán ra ngay mà đưa vào tiếp tục sản xuất sản phẩm, kinh doanh dịch vụ khác nếu không trực tiếp xác định được sản lượng thì sản lượng tài nguyên tính thuế được căn cứ vào sản lượng sản phẩm sản xuất trong kỳ và định mức sử dụng tài nguyên tính trên một đơn vị sản phẩm.

Đối với nước thiên nhiên dùng cho sản xuất thuỷ điện là lượng điện năng mua bán của cơ sở sản xuất thuỷ điện bán cho bên mua điện theo quy định của hợp đồng mua bán điện hoặc lượng điện giao nhận được xác định qua hệ thống đo đếm điện đạt tiêu chuẩn đo lường VN. Sản lượng điện này được bên giao, bên nhận, bên mua, bên bán xác nhận.

Giá tính thuế

Giá tính thuế tài nguyên là giá bán đơn vị sản phẩm tài nguyên tại nơi khai thác.

Đối với loại tài nguyên khai thác trong tháng có cùng phẩm cấp, chất lượng, một phần sản lượng tài nguyên được bán ra tại nơi khai thác theo giá thị trường, một phần bán đi nơi khác hoặc đưa vào sản xuất, chế biến, sàng tuyển, phân loại, chọn lọc thì giá tính thuế của toàn bộ sản lượng tài nguyên khai thác được là giá bán đơn vị sản phẩm tài nguyên đó tại nơi khai thác không bao gồm thuế GTGT.

Trường hợp trong tháng có phát sinh sản lượng tài nguyên khai thác, nhưng không phát sinh doanh thu bán tài nguyên thì giá tính thuế đơn vị tài nguyên được xác định căn cứ vào giá tính thuế đơn vị sản phẩm tài nguyên của tháng trước liền kề.

Trường hợp loại tài nguyên chưa xác định được giá bán đơn vị sản phẩm tài nguyên thì giá tính thuế đơn vị tài nguyên được xác định căn cứ vào một trong những cơ sở sau: Giá bán bình quân trên thị trường của đơn vị tài nguyên cùng loại khai thác có giá trị tương đương. Giá bán đơn vị của sản phẩm nguyên chất và hàm lượng chất này trong tài nguyên khai thác hoặc giá của sản phẩm nguyên chất và hàm lượng của từng chất trong tài nguyên khai thác.

Giá tính thuế tài nguyên đối với một số trường hợp cụ thể:

Đối với nước thiên nhiên dùng sản xuất thủy điện, giá tính thuế tài nguyên là giá bán điện thương phẩm bình quân.

Đối với gỗ là giá bán tại bãi giao.

Đối với dầu thô, giá tính thuế tài nguyên là giá bình quân gia quyền của dầu thô được bán tại điểm giao nhận theo hợp đồng giao dịch sòng phẳng.

Đối với khí thiên nhiên, khí than giá tính thuế tài nguyên là giá bán theo hợp đồng giao dịch sòng phẳng tại điểm giao nhận.

Trường hợp tài nguyên khai thác chưa có giá bán thì Chính phủ quy định giá tính thuế tài nguyên.