Các trường hợp được coi là thanh toán qua ngân hàng để khấu trừ thuế GTGT đầu vào gồm:

a) Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức thanh toán bù trừ giữa giá trị hàng hoá, dịch vụ mua vào với giá trị hàng hoá, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có biên bản đối chiếu số liệu và xác nhận giữa hai bên về việc thanh toán bù trừ giữa hàng hoá, dịch vụ mua vào với hàng hoá, dịch vụ bán ra, vay mượn hàng.

b) Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào theo phương thức bù trừ công nợ như vay, mượn tiền; cấn trừ công nợ qua người thứ ba (ngoài trường hợp nêu tại tiết a điểm này) mà phương thức thanh toán này được quy định cụ thể trong hợp đồng thì phải có hợp đồng vay, mượn tiền dưới hình thức văn bản được lập trước đó và có chứng từ chuyển tiền từ tài khoản của bên cho vay sang tài khoản của bên đi vay đối với khoản vay bằng tiền.

c) Trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào được thanh toán uỷ quyền qua bên thứ ba thanh toán qua ngân hàng thì việc thanh toán theo uỷ quyền phải được quy định cụ thể trong hợp đồng dưới hình thức văn bản và bên thứ ba là một pháp nhân hoặc thể nhân đang hoạt động theo quy định của pháp luật.

Một số trường hợp khác:

Tại điểm 5.1, 5.3 mục I phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn về Luật quản lý Thuế hướng dẫn như sau:

“ 5.1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan  thuế có sai sót, nhầm lẫn gây ảnh hưởng đến số thuế phải nộp thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Hồ sơ khai thuế bổ sung được nộp cho cơ quan thuế vào bất cứ ngày làm việc nào, không phụ thuộc vào thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của lần tiếp theo, nhưng phải trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

......

5.3. Trường hợp khai bổ sung hồ sơ khai thuế làm giảm số thuế phải nộp, người nộp thuế được điều chỉnh giảm tiền thuế, tiền phạt (nếu có) tại ngày cuối cùng của tháng nộp hồ sơ khai bổ sung;  hoặc được bù trừ số thuế giảm vào số thuế phát sinh của lần khai thuế tiếp theo.”

Căn cứ hướng dẫn trên, trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào được thanh toán theo phương thức trả chậm, trả góp có giá trị hàng hoá dịch vụ mua trên 20 triệu đồng, cơ sở kinh doanh vẫn được khấu trừ thuế, đến thời hạn thanh toán nếu không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào, cơ sở kinh doanh phải kê khai, điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ của giá trị hàng hoá không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng. Sau khi cơ sở kinh doanh đã điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào đã khấu trừ tương ứng với giá trị hàng hoá không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh mới có được chứng từ chứng minh việc thanh toán qua ngân hàng thì cơ sở kinh doanh có quyền khai bổ sung nhưng phải trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

Trường hợp thanh toán trong nội bộ doanh nghiệp có đơn vị hạch toán phụ thuộc có phát sinh hoá đơn GTGT nhưng không có chứng từ thanh toán qua ngân hàng thì quan hệ thanh toán tiền hàng mang tính chất thanh toán nội bộ giữa công ty và chi nhánh hoặc giữa công ty trong tập đoàn vẫn đủ điều kiện được khấu trừ thuế GTGT.

Đối với trường hợp hàng hoá, dịch vụ mua vào có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên trong thời gian từ ngày 01/01/2009 đến hết ngày 31/03/2009 có chứng từ chứng minh việc nộp tiền mặt vào tài khoản bên bán hoặc có chứng từ chuyển tiền vào tài khoản bên bán được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

Quý bạn đọc có thể xem chi tiết các quy định trên "tại đây".